In Japanese immigration law, there are rules about when a residence card must be returned to the Immigration Bureau.
The foreign national must return the residence card within 14 days in the following cases:
The foreign national ceases to be a mid-long term visa status holder.
The visa status validity period has lapsed.
The foreign national has left Japan with a re-entry permit, but does not return to Japan before the expiration of the permit.
The foreign national has passed away.
*The family or cohabitant of the deceased must return the residence card in this case
The foreign national must return the residence card immediately in the following cases:
The foreign national exits Japan without a re-entry permit.
The foreign national receives the issuance of a new residence card.
※ In the case that the foreign national applied for a new card after losing the previous one, if the old card is found again later, it must be returned within 14 days.
※In the above two cases, the card usually has a hole punched through it and is returned to the foreign national.
In the case outlined in the original question, the foreign national would have to return the card to the Immigration Bureau within 14 days of the expiration of the re-entry permit. It is possible to return the card by post. According to article 71-5 subsection 3 of the Immigration Control and Refugee Recognition Act, failure to properly return the residence card within the allotted time could result in fines up to 200,000 JPY.
日本に中長期在留者として在留する外国人は、所持する在留カードの記載時事項に変更が生じた場合は、変更が生じた日から１４日以内に、法務省令で定める手続により、法務大臣に対して変更の届出を行う義務がある旨定められています。氏名が変わる場合は、下記２の届出が必要となります。
１．住居地に変更が生じた場合
「住居地の変更届出」手続きが必要です。こちらは、変更後の住居地に移転した日から１４日以内に、変更後の住居地を管轄する市区町村の窓口で、新しい住居地を法務大臣に届け出を行います。なお、在留カードを提示して住民基本台帳制度における転入（居）届を行った場合は、この届出が「住居地の変更届出」とみなされます。
２．住居地以外の記載事項に変更が生じた場合
氏名・生年月日・性別・国籍/地域 の項目に変更が生じた場合、「住居地以外の在留カード記載事項の変更届出」手続きが必要です。こちらは、先述した項目いずれかに変更が生じた日から１４日以内に住居地を管轄する地方出入国在留管理官署にて変更届出を行います。変更届出時には、届出書、証明写真１枚、旅券、在留カードなど基本書類の他、記載事項に変更を生じたことを立証する資料が必要です。
日本に中長期在留者として在留する外国人が、日本での活動を終えて出国する際は、出国港（例、羽田空港、成田空港）で在留カードを返納する必要がありますが、返納された在留カードは担当審査官によりその場で穴をあけられ無効なものとされたうえで、ご本人へ戻されます。よって、そのまま記念として持ち帰ることができます。
なお、平成２８年４月１日より外国人入国記録・再入国出入国記録の様式が変わり、外国人出国記録が廃止されました。これまでは、「国籍・地域」、「性別」、「旅券番号」等の記載項目がありましたが、上記改定に伴いこれらの項目は削除され、シンプルで分かり易い様式になりました。また、再入国出国記録では、「再入国許可」又は「みなし再入国許可」のいずれかを選択する形から、再入国の意思の有無を記載する形へと変更となりました。
今回のケースでは、日本出国時には、再入国出入国記録カード上の「２．「再入国許可」の有効期間内に再入国の予定はありません」の欄へチェックのうえ、署名を行ったものを出国審査時に提出することで、審査官は再入国の意思はないものとして在留カードに穴を空けて無効とし、ご本人へ返却されることとなります。
現状、資格外活動許可のスタンプが無い場合、資格外活動はおこなえません。更新申請と同時に資格外活動許可申請をおこなっている場合、通常、新しい在留カードの裏面にスタンプが押されているはずです。まず、申請をした管理局へ、間違いなのかどうか確認をする必要があります。仮に管理局のスタンプ押し忘れや、申請書類の見落とし等の場合、あらためてスタンプを押してくれるはずですが、申請をした管理局により対応が異なる可能性がありますので、前もっての確認が重要です。管理局の間違いの場合でも、在留カードが交付され、手渡される際、間違いが無いかの確認がありますので、必ず記載内容等に間違いがないか、確認するよう、社内で徹底されることをお勧めいたします。
在留カードの裏面に誤って自分で現住所を記入してしまった場合、厳密には、在留カードの汚損に当たると考えられ、「汚損等による在留カードの再交付申請」を行うことが望ましいと言えます。 転居等に伴い、現住所に変更が生じた場合は、変更が生じた日から１４日以内に住居地の市区町村の担当窓口へ住居地の変更届出を行いますが、その際、市区町村の担当者が変更届出を受理した際に、届出日、新住居地の住所、市区町村のスタンプをそれぞれ在留カードの裏面に押印するため、中長期在留者自身で在留カードに加筆を行うことはありません。
実務上では、申請書類作成のために在留カードの写しを確認した際に、誤って中長期在留者自身で住所を加筆してしまったことが判明するケースが時々ありますが、通常はそのまま申請手続きを進めており、これまでのところ入管から再交付申請を先に行うよう案内を受けたことはありません。とは言え、国の機関（出入国在留管理庁）より交付を受けた在留カードに、認められた者以外が修正や加筆を行うことは認められていませんので、誤って加筆してしまったことが判明した際には、速やかに最寄りの入管へ相談されることをお勧めいたします。
福岡出入国在留管理局へ提出した在留資格変更申請の結果を、引っ越し後の住居地（東京都）を管轄する東京出入国在留管理局で代わりに受け取ることは、通常はできません。
各在留審査手続きは、申請時点における申請人の住居地を管轄する地方出入国在留管理官署において、申請～申請にかかる処分まで一連の手続きを完了させる必要があります。よって、今回のケースでは、申請中に大分県から東京都へ引っ越し、申請人の住居地の変更届出を適切に行っていた場合であっても、すでに申請を提出済みのものに関しては、あくまでも申請を提出した福岡出入国在留管理局にて処理されるものであるため、審査が完了した時点で、同出入国在留管理局を再度訪問し、新在留カードの受領などを行う必要があります。
なお、申請後の追加書類の案内や審査完了を通知する葉書は、申請時に出入国在留管理局で渡されるハガキへ記載した住所（認定申請の場合は、申請時に提出する返信用封筒に記載した住所。取次者を通じて申請を行った場合は、通常取次者宛て）へ送付されるため、近々引っ越しの予定がある場合は、審査完了見込時期なども考えながら出入国在留管理局からの案内を受け取りたい住所を記載します。