就労資格証明書は、雇用主が必ず確認しなければならない書類ではありません。在留カードや旅券に貼られた証印シール等で、該当者が貴社で就労可能な在留資格を有していることの確認を行えば十分です。
就労資格証明書は、雇用主と外国人双方の利便性を図るために、その外国人が希望する場合に、住居地を管轄する地方出入国在留管理官署へ申請を行い、交付を受けるものです。よって、就労資格証明書の交付を受けていないと就労活動ができないというものでもありません。更に、入管法第１９条の２第２項には、就労資格証明書を提示しないことにより、雇用の差別等の不利益な扱いをしてはならない旨が規定されています。
なお、就労資格証明書には、その外国人が従事することができる就労活動を具体的に示されていますが、外国人が就労活動を行うこと認めた許可書ではありません。そのため、就労資格証明書を確認したからと言って、必ずしもその外国人が日本で就労活動を行うことができる、雇用しても問題ないということではありません。外国人が日本で就労することができるか否かは、あくまでも在留資格や資格外活動許可の有無により決定されるため、雇用時には必ず外国人が所持する在留カードやパスポートに貼られた証印シールに記載された在留資格の種類や有効期間等により、雇用の可否を確認する必要があります。
就労資格証明書交付申請は義務ではないため、本人と会社の判断で申請するかどうか決める必要があります。一般的に在留期限が5ヶ月後であれば、在留期限の概ね3ヶ月前から在留期間更新許可申請が可能なため、就労資格証明書交付申請ではなく、在留期間更新許可申請で進めるのが大半かと思います。ただ、会社の方針として、在留期間更新許可申請可能期間以外の場合、中途採用者には、すべて就労資格証明書要求する仕組みができあがっているのであれば、その仕組みに沿った対応を取るのが良いと考えます。