1.毎月の計算と年間の計算
給与計算は毎月の給与計算のほかに、毎年決まった時期に行われる事務があります。毎年6月から7月の時期と年末年始の時期の年2回は、特に事務および計算手続きが集中します。
毎年6月から7月の時期は、労働（労災・雇用）保険の“年度更新”の事務があります。年末年始の時期には所得税の年末調整を行い、年明けの年始に年末調整の計算結果を税務署や市区町村へ提出します。
2.労働保険の年度更新
毎年6月から7月にかけては、労働保険（労災保険と雇用保険の総称）の“年度更新”の事務手続きがあります。労働保険料は1年に1回、前年度の賃金総額から算出されます。
エクスパッツなどの雇用保険の対象除外となる外国人がいる場合は、賃金総額に対象除外となる従業員の給与額は含めません。
3.給与計算事務の決算である年末調整
給与から控除される所得税の源泉徴収税額は、あくまでも“源泉徴収税額表”に基づいて控除された暫定的な金額です。1年間の年収を想定して算出された概算であり、正確な金額ではないため、1年間の給与支給額が確定した時点で正確な所得税を算出します。その過不足計算の調整を年末調整といい、給与計算事務の決算といえます。
1年の途中で帰国して“非居住者”となる外国人の場合は、出国までに確定した給与支給額に基づいて年末調整を行います。なお、計算方法は年末に行う調整と同様です。
4.外国人に対する住民税
一般的に市町村民税と道府県民税（東京都の場合、特別区民税と都民税）を合わせて住民税といいます。所得税と同様に“居住者”と“非居住者”で取り扱いが異なります。
非居住者は原則として非課税ですが、居住者はその年の1月1日時点の住所の有無や居住期間などにより課税対象が判断されます。なお、前年の所得を基に計算される住民税は、来日1年目の外国人には課税されません。