交付された在留カードを紛失したり、汚してしまった場合には、最寄りの地方入国管理局等で再発行の手続を行い、新しい在留カードを交付してもらうことになります。紛失の場合にはその事実を知った日から14日以内（※）に地方入国管理官署で在留カードの再交付申請をしなければなりません。この紛失による再交付申請を申請期間中に行わなかったときは、1年以下の懲役又は20万円以下の罰金に処せられることがあります。なお、在留カードの紛失自体に対する罰則等の規定はありません。
また、紛失、盗難、滅失、著しい毀損、汚損、ICチップの記録の毀損などを理由とする在留カードの再交付には手数料はかかりません。ただし、これら以外の個人的な理由等で在留カードの交換を希望するときには、実費を勘案して政令で定める額の手数料がかかります。
なお再発行申請および在留カードの受領は原則として本人が出向くことになり、郵送等で行うことはできません。ただし、特段の問題がなければ、法務省令で定める親族等の方に依頼して手続することが可能です。
（※）日本から出国している間に当該事実を知った場合は，その後最初に入国した日から14日以内